除了雾滴漂移是除草剂大面积使用中经常发生的问题外,环境条件不良时，除草剂也可能对生长不良的作物引起药害。
试验结果表明，在风速超过8—10米/秒的条件下喷雾除草剂，除草剂的药效可降低5%左右。同时，网风力的作用喷雾的除草剂雾滴还可随风飘移到附近其它敏感作物造成药害。因此，在风力较大的天气条件下应停止使用除草剂;适时降雨和合适的雨量(以10～15毫米为宜)，有利于土壤处理的除草剂发挥药效。其原因是雨水可使除草药加速扩散和移动，同时还能使杂草在迅速发芽生长的过程中充分吸收除草剂，有利提高除草效果，若在干旱地区作物播后苗前施用除草剂，除草效果表现差。若在茎叶处理施用除草剂后遇到降雨，喷雾的药剂被雨水冲掉，也会大大降低除草剂的药效。因此，除草剂喷雾后若在6小时内遭受雨淋，应重新追加喷雾。
更值得注意的问题还有：
(1)杂草抗药性问题。近20年来，世界范围内至少有30个以上的国家发现不同杂草对化学结构不同的多种类型除草剂产生了抗性，其中以抗三氮肥苯除草剂的杂草种子类多，其他较多的是ALS抑制剂和光合作用抑制剂等。突出表现是抗性形成速度加快，范围更广。早期应用的除草剂品种从开始应用到杂草产生抗性约需10年以上，而近则仅用4~5年便产生抗性。另一个重要表现是多抗性与交互抗性增多。
(2)杂草群落组成发生明显变化。长期使用单一除草剂后，由于环境的变化，农田杂草群落组成逐步演替，使得原来危害较小或在群落中处于次要地位的杂草迅速演替为优势杂草。
(3)降解产物对作物发生危害。以使用杀草丹导致水稻矮化为例，由于水稻田使用杀草丹时，在还原条件下脱氯而产生脱氯杀草丹，对水稻生育产生严重抑制作用。
(4)对后茬作物的影响。由于除草剂(如有些磺酰脲类不易被土壤降解、施用后不同程度地残留在土壤中，造成后茬敏感作物受天药害。